Considerada la mayor batalla marítima de la historia. Se produce tras el intento de Napoleón, aliado aun de España, de distraer a la flota inglesa en las Indias occidentales para poder desembarcar a 160.000 hombres en las costas británicas. Pero tras ser derrotado en la Batalla de Finisterre, la flota franco-española al mando del vicealmirante Pierre Villeneuve se retira a Cádiz. Napoleón ordena entonces a Villeneuve dirigirse al Mediterráneo para acabar con los barcos ingleses que hostigan las rutas comerciales francesas, pero este desoye esta orden hasta que le llegan rumores de su destitución. Es entonces cuando se decide a salir de puerto con toda la flota franco-hispana compuesta por 27.000 hombres y 33 navíos (18 franceses y 15 españoles) donde se encuentra con el bloqueo inglés, una flota comandada por Horatio Nelson compuesta por 18.000 hombres, 27 navíos y 4 fragatas.
La flota española se había modernizado bastante pero lo suficiente comparado con los mejores barcos ingleses. A la superioridad técnica se unió la fiebre amarilla, que había diezmado a gran parte de los hombres por lo que se recurrió a una leva compuesta por ancianos, hombres inexperimentados, e incluso soldados de infantería. Por su parte, los barcos franceses que si podían competir en modernidad con los barcos ingleses estaban tripulados por marinos sin experiencia en combate y, más importante aún, dirigidos por oficiales inexpertos ya que la mayoría de los oficiales curtidos fueron ajusticiados en la revolución francesa por su origen aristócrata. La flota inglesa, considerada la mejor del mundo, tenía los mejores barcos y además su tripulación era ya veterana, curtida en mil batallas, y dirigida por el mismísimo el almirante Nelson, toda una leyenda y artífice de grandes victorias para el imperio inglés.
La superioridad numérica, quedó anulada por la preparación de los ingleses y cuatro horas después del comienzo de la batalla prácticamente había llegado a su fin. La mayoría de barcos aliados estaban capturados, hundidos o no disparaban ya. La mayoría de los oficiales que no habían huido habían muerto o estaban malheridos. Muchos barcos fueron llevados a Gibraltar y otros se quedaron en el camino. La victoria inglesa en Trafalgar fue el final de las aspiraciones de Napoleón de controlar el mar y por tanto de invadir Inglaterra. Para España supuso su fin como potencia colonial. Además los mejores oficiales de la armada española murieron o quedaron apartados del ejercito de por vida tras la batalla de Trafalgar. Sin duda la Batalla dictó el futuro del dominio mundial.
Los datos de la batalla son claros: entre españoles y franceses tuvieron más de 4.000 muertos y otros 8.000 cayeron prisioneros. Los ingleses no perdieron ningún buque y sufrieron 500 bajas. La más importante la de Nelson, que murió tiroteado desde un navío francés. Curiosamente en el combate sólo se hundió un navío francés (el Achille) el resto trataron de buscar refugio en Cádiz o, capturados por los ingleses, fueron arrastrados a Gibraltar – 18 barcos capturados-. Sin embargo las tormentas obligaron a abandonar a casi todos los navíos a su suerte y durante 5 días se reprodujeron los hundimientos por todo el Golfo: el Rayo, por ejemplo, fue localizado en 2005 frente a las costas de Huelva. Entre los pecios localizados, el Bucentaure -el barco de Villeneuve frente a la Caleta de Cádiz en el llamado Pecio de Chapitel– o el Fogueux, conocido por los buceadores como el Pecio de Las Morenas (San Fernando).
Desde el año 2000 el proyecto Trafalgar, puesto en marcha por el Centro de Arqueología Subacuática, ha tratado de localizar los restos de los barcos hundidos y rescatar parte de su historia. Así se han recuperado multitud de cañones y otros enseres salvados del expolio de submarinitas sin “escrúpulos”, algunos de los cuales pueden ser vistos en Cádiz; junto al centenar que, desde el siglo pasado, protegen las esquinas de la ciudad.
Sin embargo, el mayor buque de guerra de su tiempo (el Santísima Trinidad) sigue desaparecido. Capturado por los ingleses, trato de ser remolcado a Gibraltar, y debido a las dificultades por las tormentas, fue hundido por los británicos. En los diarios de a bordo ingleses constan las coordenadas de la zona de hundimiento del Trinidad; pero no eran cálculos precisos y las grandes corrientes del Estrecho pueden haber movido el barco a mucha distancia, por lo que hoy, este gigante de 130 cañones apodado por Benito Pérez Galdós El Escorial de los maressigue sin ser localizado.